Cerita bermula ketika Nobita disuruh Giant dan Suneo meminta pada Doraemon untuk mencari dunia misteri sebagai tujuan petualangan mereka pada libur musim panas kali ini.
Di tengah-tengah pencarian, Nobita pun bertemu dengan seekor anjing terlantar di taman bermain yang kemudian diberi Nobita nama Peko. Petualangan Nobita, Doraemon dan teman-teman di dunia misteri Afrika pun menanti.
