Film ini mengisahkan tentang Godzilla dan mahluk lain sejenisnya (MUTO) yang ternyata telah menghuni bumi dari zaman dahulu kala. Kisah dalam film godzilla ini berpusat pada seorang ayah yang istrinya menjadi korban dari kemunculan muto, dan berjuang bahu-membahu bersama anaknya untuk mendapatkan kebenaran dari kisah mereka tersebut.